События игры происходят во время действий пятой книги о Гарри Поттере с некоторыми отступлениями от основного сюжета книги.
В Хогвартсе начался новый год обучения, пребывают новые ученики. Вот только с первого же дня обучения начинают пропадать первокурсники, причем исключительно чистокровные волшебники. Это начинает беспокоить руководство школы и родственников пропавших детей. В школе находится компания студентов, решивших разобраться самостоятельно в таинственных исчезновениях. К ним присоединяется знаменитая троица и решает помочь всеми силами. Однако на Гарри лежит и другой груз, он продолжает находить способ победить Воландеморта.